V současné době je možné zahrnout do odpočtu 100 % výdajů vynaložených na řešení výzkumných nebo vývojových projektů a současně 10 % výdajů, které převyšují výdaje vynaložené v předchozím období.
Příklad konkrétního praktického využití odpočtu vypadá následovně:
Poplatník v roce 2015 vynaložil výdaje na řešení projektu výzkumu a vývoje ve výši 750 000 Kč. V roce 2016 vynaložil na řešení projektu výzkumu a vývoje výdaje ve výši 900 000 Kč. V daňovém přiznání za rok 2015 si poplatník uplatnil odpočet od základu daně ve výši 750 000 Kč. V daňovém přiznání za rok 2016 si však může uplatnit odpočet ve výši 900 000 + 10 % z (900 000 - 750 000) = 915 000 Kč.
Odpočet přináší společnostem možnost uspořit minimálně 19 % způsobilých nákladů na výzkum a vývoj prostřednictvím snížení jejich daňové povinnosti. Pokud základ daně není dostatečně vysoký pro využití odpočtu, je možné ho využít během tří následujících let.
Způsobilými náklady pro daňový odpočet jsou v zásadě primárně daňově uznatelné náklady, které byly vynaloženy na řešení projektů VaV podle definice v zákonu o daních z příjmů (ZDP nebo Zákon) a byly odděleně evidovány od ostatních nákladů. Způsobilé náklady na výzkum a vývoj jsou tak využity ke snížení základu daně dvakrát.
Zákon dále vymezuje okruh nákladů, které nejsou pro odpočet způsobilé. Níže uvádíme výčet těch nejdůležitějších:
- náklady, na které již byla poskytnuta podpora z veřejných zdrojů (typicky prostřednictvím dotačních programů nebo investičních pobídek);
- náklady na služby (s výjimkou služeb od veřejné VŠ nebo výzkumné organizace);
- náklady na licenční poplatky a na nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob (s výjimkou výsledků od veřejných VŠ nebo výzkumných organizací).
V praxi je často velmi složité identifikovat, zda lze předmětné činnosti společnosti považovat za způsobilé činnosti výzkumu nebo vývoje. Pro tyto účely vydala Finanční správa pokyn D-288, který poskytuje detailnější výklad. Je však potřeba uvést, že pokyn D-288 není právně závazným předpisem, a proto je jeho aplikace v praxi leckdy sporná (viz níže nejčastější problémy v praxi).
Nezbytnou podmínkou pro uplatnění odpočtu na VaV je existence projektu výzkumu a vývoje, což je dokument, ve kterém společnost před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost podle zákona o podpoře výzkumu, vývoje a inovací (základní výzkum, aplikovaný výzkum, experimentální vývoj). Projekt musí obsahovat základní identifikační údaje o poplatníkovi a všechny ostatní náležitosti stanovené Zákonem, přičemž projekt musí být schválen před zahájením řešení projektu.
Ač se může zdát, že je zákonné vymezení odpočtu jasné, praxe nás přesvědčuje o opaku. Mezi nejčastější problémy v aplikační praxi patří:
- posouzení činnosti společnosti jako činnosti výzkumu a vývoje – přítomnost prvku novosti a odstranění technické nejistoty (jedná se z technického hlediska o činnost výzkumu a vývoje?, přináší řešení projektu nové poznatky a zahrnuje odstraňování technické nejistoty?);
- způsobilost nákladů zahrnovaných do odpočtu (např. problematika zahrnutí náhrad za dovolenou do způsobilých výdajů projektu);
- problémy s dodržením formálních požadavků na projekt výzkumu a vývoje (co je to vlastně dokument?, musí se jednat o papírový dokument, nebo postačí elektronická verze?);
- vytvoření projektu výzkumu a vývoje před začátkem řešení projektu (formální vs. reálné zahájení řešení projektu).
Výše uvedené oblasti způsobují v současné době největší problémy v praxi. Čím dál častěji se také jednotlivé spory přesouvají k soudním projednáním.
Nejspornější je otázka odstranění technické nejistoty a přítomnost prvku novosti. Existuje již řada rozhodnutí Nejvyššího správního soudu, která se tímto zabývají. Důvod, proč tato otázka zpravidla končí až před soudem, je ten, že správce daně často zpochybňuje, že při řešení projektu došlo k odstranění technické nejistoty, případně že projekt obsahuje prvek novosti. Pro posouzení této skutečnosti je však třeba odborných znalostí, které správce daně obvykle nemá a nemůže mít. Nicméně správce daně bývá zpravidla přesvědčen, že je schopen tyto otázky posoudit vlastními silami. A právě s takovým postupem správce daně se společnosti často neztotožňují. Pokud bychom měli na základě této judikatury formulovat nějaká základní doporučení, pak to jsou tato:
- při tvorbě projektové dokumentace klaďte velký důraz nejenom na dodržení formálních požadavků, ale i na dostatečný popis konkrétní výzkumné a vývojové činnosti, prvek novosti, odstranění technické nejistoty (zapojte do přípravy dokumentace vývojáře, kteří budou na projektu pracovat);
- mějte projektovou dokumentaci kompletně připravenou pro případ, že vás navštíví správce daně a bude ji chtít vidět (lepší je být připraven, než pak být nemile překvapen a zaskočen);
- pokud budete mít k dispozici i znalecký posudek potvrzující způsobilost činností VaV za uplynulé zdaňovací období, je to vaše výhoda (podle současné judikatury Nejvyššího správního soudu nemůže správce daně bez dalšího posudek zpochybnit a dále se jím nezabývat. Pokud správce daně zpochybní váš znalecký posudek, musí si nechat vypracovat další nezávislý posudek.).
Pro přehlednost uvádíme v tabulce shrnutí základních informací týkajících se odpočtu na VaV.